Судя по историческим источникам, раньше на месте больницы Святого Иакова располагался госпиталь Богоматери Дорад, который не сохранился до наших дней.
Госпиталь Святого Иакова был сооружен в 1227 году и первоначально назывался госпиталь Нувель, что в переводе с французского означает «новый». Однако такое имя закрепилось благодаря фамилии его архитекторов — братьев Роже и Бертрана Новело. В течение следующих нескольких веков он неоднократно расширялся, пока не получил в конце концов в 1554 году статус центральной городской больницы. После революции госпиталь из церковного учреждения, контролируемого архиепископом, стал полностью светским, однако в конце XVIII века из-за идеологического конфликта власти с директоратом он лишился государственной поддержки и его содержание оплачивалось только из муниципального бюджета. Тем не менее, благодаря благотворительным пожертвованиям, одно из которых сделал даже герцог Веллингтон, занявший Тулузу в 1813 году, в течение XIX века госпиталь продолжал развиваться и расширять свои помещения.
В самом начале XX века при госпитале Святого Иакова открылась Школа медсестер. Всю Первую мировую войну больница активно принимала беженцев и раненых, несмотря на то, что находилась достаточно далеко от линии фронта. После Второй мировой войны, когда весь мир осознал важность медицинской науки, при госпитале открылась еще одна школа — социальных помощников. Также здание укрепили специальными бетонными конструкциями, чтобы обезопасить его в случае разлива Гаронны.
Наконец, в 1958 году был учрежден Университетский больничный Комплекс, объединивший госпитали Святого Иосифа и Святого Иакова, и последний постепенно превратился из действующего госпиталя в административный штаб. Сейчас он является управляющим центром и Музеем истории медицины. В нем также проводятся семинары, научные конференции и собрания.
