Церковь Святого Иоанна Крестителя была построена в 1477 году изначально при монастыре Святого Марка. Посвящение Иоанну Крестителю она получила уже в 1687 году, когда монастырь был передан ордену святого Иоанна Иерусалимского, которому принадлежал вплоть до недавнего времени. Тогда же многие постройки были перестроены в соответствии с актуальным в это время стилем барокко, и церковь Святого Иоанна Крестителя также получила многочисленные подобные украшения.
Церковь сильно пострадала от американских бомбардировок в ходе Второй мировой войны. В 1962-1964 годах были проведены масштабные работы по реставрации. С XV века тем не менее сохранилась богато украшенная орнаментами купель и частично — фрески на южной стене здания.
